Nelle Harper Lee sinh năm 1926 tại thị trấn nhỏ Monroeville thuộc tiểu bang Alabama, Hoa Kỳ. Bà là con út trong số bốn người con của ông bà Amasa Coleman Lee và Frances Cunningham Finch Lee.[5] Bố của Harper Lee là một luật sư làm việc tại cơ quan tư pháp tiểu bang, trước đó ông từng là một biên tập viên tờ báo địa phương.[6] Từ khi còn nhỏ bà đã bộc lộ niềm yêu thích văn chương, Harper Lee chơi rất thân với cậu bé hàng xóm có tên Truman Capote, người sau này cũng trở thành một trong những phóng viên và nhà văn nổi tiếng nhất nước Mỹ.[7][8][9]

Sau khi tốt nghiệp trung học tại Monroeville,[5] Lee vào học tại trường nữ sinh Huntingdon College ở Montgomery (1944–45) và sau đó theo học cử nhân luật tại Đại học Alabama (University of Alabama, 1945 – 1950). Trong thời gian là sinh viên, Harper Lee tham gia viết bài và biên tập cho tờ báo của trường, tờ Rammer Jammer.[10][11] Chưa hoàn thành hết khóa học cử nhân luật, Harper Lee đã sang Anh học một mùa hè tại Oxford rồi quay trở về New York làm nhân viên cho hãng hàng không Eastern Air Lines và BOAC.[5] Mãi đến cuối thập niên 1950 Lee mới quyết định nghỉ việc để tập trung sức lực cho nghề viết văn.